Estou compartilhando o programinha que fiz pra resolver esse problema das stats com os demais administradores que enfrentam o mesmo problema que eu.
Vamos aos comandos:
1º Passo: Logue no Shell como root ou qualquer outro usuário com privilégio = do root.
2º Passo: Pegue o arquivo em: http://www.itmd.com.br/awstats
Comando: wget http://www.itmd.com.br/awstats
3º Passo: Após isso execute o comando: chmod 711 awstats && ./awstats
Pronto, agora é só esperar ele terminar de processar as estatísticas dos usuários, após isso basta entrar no awstats que já estará tudo atualizado ...
A idéia é colocar para executar todos os dias de madrugada, para isso você pode usar as tarefas cron do root ou qualquer outro usuário com privilégios
Qualquer dúvida ou sugestão serão muito bem vindas desde que sejam postadas aqui no fórum (menos a de liberar o código fonte

Esse script eu fiz por 2 motivos, 1 pq voltei a fazer um painel de controle para host, estilo cpanel só que com idéias novas, e o segundo por causa que o cpanel vive dando pau a cada nova atualização, sempre algo para de funcionar ...