Eu fiz da seguinte forma:
<? echo "<input type='checkbox' name='item[]' value='Item 1'"; $sql = mysql_query("SELECT * FROM produto WHERE (id = '$id') AND (item = 'Item 1')"); $total = mysql_num_rows($sql); if($total >= 1){ echo "checked"; } else { echo ""; } echo " /> "; ?>
Dessa forma ele faz uma pesquisa na tabela para saber se tem o id relacionado ao item, se tiver marca checked, se não tiver, o echo retorna vazio.
Deu certo assim...
Obrigado pela ajuda