É uma pergunta específica de banco de dados, não exatamente PHP, mas de qualquer forma creio que possa tentar converter os acentos e caractéres especiais para os respectivos códigos antes de executar a con esulta, porxemplo:
ç = Ç
Confirme se no seu banco os acentos estão gravados na forma original ou desta outra forma. Existem outras codificações possíveis, verifique esta possibilidade.