Olá *.*,
É possível configurar a margem inferior através do método SetAutoPageBreak.
Exemplo:
Para configurar todas as margens com 1.0 (um) centímetro, utilize o seguinte
código:
$pdf->SetMargins(1.0,1.0, 1.0); // margens: esquerda, superior e direita
$pdf->SetAutoPageBreak(true,1.0); // margem inferior
Não se esqueça de definir a unidade de medida do documento para cm (centímetro)
Então é isso,
_Rodrigo_