Se demora uns minutos para o código malicioso aparecer em seu site é porque estão inserindo via FTP, ou seja, roubaram sua senha. Logicamente seu computador também está infectado, mesmo se você mudar a senha do FTP eles vão conseguir roubar a nova senha de você mais uma vez.
Já tentou formatar o computador e depois mudar a senha do FTP? Se não tiver funcionado é bem provavél que o vírus tenha se instalado na memória ram também.
Você tem que limpar o seu computador, ou é isso ou é isso.
Não tem outra forma. Limpe o computador e depois mude a senha do FTP. E não deixe de verificar o código das páginas que estiverem em seu computador, porque se você abrir um arquivo com o código malicioso dentro do seu computador, o vírus vai se instalar novamente.
parece que era exatamente isso, o problema foi solucionado com a mudança de senha do Cpanel. O que quer que estava infectando os arquivos, estava usando a senha do cpanel, pra infectar os arquivos, depois que troquei a senha o problema acabou. agradeço a ajuda de todos que se esforçaram...