
for(i=1;i<<%=cont%>;i++){
document.parent.arquivos.getElementById(i).checked = true
}
Obs.: Fiz um teste:
Coloquei no iframe:
for(i=1;i<<%=cont%>;i++){
document.getElementById(i).checked = true
}
e só funfou no IE...
opa jah era, fiz... xDD
so para c alguem tiver alguma duvida a resolução é fácil, em vez de uma função pegar os campo do iframe, fiz um click que chama a função do iframe... (parent.nomedoframe.funcao()

Obrigado...