Na verdade ninguém entendeu o que o realmente foi perguntado.
Quando um arquivo é acessado diretamente na hospedagem é diferente de quando se usa uma linguagem de programação. O que ele está fazendo é forçar o download de um arquivo com PHP, ele define os headers dizendo que se trata de uma transferencia e com a função readfile() joga pro cliente o arquivo. O problema é toda vez que for solicitado o arquivo, o download será iniciado do inicio do arquivo (não foi pleonasmo). E o conceito do pause e continue não é esse, o gerenciador deseja continuar de onde ele parou, para isso ele deveria adaptar o script usando a função fread() do PHP que ler qualquer parte especificada do arquivo, idependente se ela esteja no inicio ou no fim do arquivo.
Nos comentários da função fread() no http://php.net/manua...ction.fread.php o Edward Jaramilla mostra um função criada por ele de como permitir o tal pause e continue de download usando php.