tenta o seguinte: na div#container adiciona a propriedade
z-index:0;e em .menu li ul adicionaz-index: 10;nao sei se funciona porque z-index é só pra absolute e #container nao estácomo absolute, e tb nao sei se IE6 suporta essa prorpiedade, mas tenta aí. Aliás, é só o IE6 que dá problema,o IE7 funciona legal ^^.
Tenta aí.
valeu por tentar ajudar, mas infelizmente não adiantou nada...
coloquei os z-index que vc falou , mas nem alterou nada....