Isso também está acontencendo em um site que eu tenho.
O javascript é carregado depois do site somente se você colocar ele para acompanhar o efeito onload.
Se você não colocar ele carrega o javascript junto.
Mas como o slideshow tem várias imagens... ele demora para iniciar porque as imagens ainda não foram carregadas...
Cara!! Eu consegui resolverr *-*
Sabe quando vc coloca o atalho pra "chamar" o javascript?
EX: <script type="text/javascript" src="js/compressed.js">
É só colocar ele entre <b:skin> e </b:skin>
Valeuu!