Olá, Lillian!
Já tive este problema também.. então inverti em:
PAISAGEM: $pdf->AddPage('R');
RETRATO: $pdf->AddPage('P');
Agora... eu desenvolvi boleto em PDF também com o html2pdf, mas ficou muuuito lento!!!
Seu boleto é Bradesco? poderia disponibilizar o fonte? ou pelo menos a parte do cód. de barras...
Desde já agradeço,
Fábio.