Após alguns testes descobri que é o PHP quem para de executar, não é perda de conexão MySQL.... só pra constar.
Bom dia à todos...
Então, após muita pequisa e consulta a especialistas concluí o porque do script não executar mais que uma hora, eis o motivo:
Meu servidor utiliza a versão 5.3 do PHP e nessa versão não é possível modificar o set_time_limit e nem o max_execution_time, ele pega as configurações do servidor nestes casos e ponto final.
Infelizmente não há solução ao problema, a única forma seria re-escrever o script com refresh para não dar o tempo limite, porém a janela teria que ficar aberta para execução.