Bom, de modo geral há mais usuários que utilizam monitores com 1024x768, ou seja contando com a barra de rolagem seu site deveria ter 960px de largura. Mas isso não é regra, o seu público é quem manda. portanto é importante acompanhar relatórios sobre os usuários, assim como os do Google Analytics para você poder acompanhar as tendências.
Quanto a publicidade, acredito que estes formatos (padronizados na internet), bons são, pois você pode adicionar tanto banners quanto links:
- 728x90 (que fica geralmente próximo ao topo do site);
- 300x250 (usado em layouts de 2 ou 3 colunas);
- 234x60 ou 468x60 (usados no conteúdo ou dentro do topo);
Isso sendo genérico, mas tudo depende do seu público.
Bons ventos.