Você fez uma pergunta curta e simples, porém, de resposta complexa.
Tu disseste que pretende usar Linux, mas não disse até onde pretende chegar..
Você deseja apenas se tornar um usuário de Linux ou ir um pouco mais além, entender como as coisas realmente funcionam, instalar e configurar servidores como web servers, name servers, proxy servers?
Quanto as aplicações, em sua grande maioria elas são disponibilizadas em código fonte, ou seja, você teria que baixar, compilar a aplicação e instalar. Em alguns casos, esta tarefa se torna extremamente trabalhosa. As Distribuições então mantém repositórios de softwares já compilados para suas versões de distribuições, que distribuições são essas mesmo? Fedora, Ubuntu, CentOS, Debian, Slackware, Mint, dentre tantas outras.
Em casos como as distribuições baseadas em Debian, como o Ubuntu, é utilizada uma ferramenta chamada apt-get, se eu quiser instalar uma ferramenta qualquer, automaticamente ele identifica os pacotes de dependência e inclui na lista para instalação, por exemplo:
// para verificar a disponibilidade de um determinado software
# apt-cache search thunderbird
// vai retornar uma lista bem grande, mas os pacotes que interessariam neste caso seriam:
// thunderbird - responsável por instalar o software propriamente dito
// thunderbird-locale-pt-br - responsável por instalar o suporte ao português do Brasil
// para instalar
# apt-get install thunderbird thunderbird-locale-pt-br
// pronto,,, a partir deste ponto a ferramenta vai fazer download dos pacotes necessários e instalar
// este procedimento também pode ser feito usando a interface gráfica do Linux
Uma das melhores fontes de estudo:
http://focalinux.cipsga.org.br/