Coloque o comando dentro da tag <HEAD>.
Ex:
ANTES
<html>
<head>
<title></title>
<link rel="stylesheet" href="main.css" type="text/css">
</head>
<body class="menu">
<base target='main'>
DEPOIS
<html>
<head>
<title></title>
<link rel="stylesheet" href="main.css" type="text/css">
<base target='main'>
</head>
<body class="menu">
....
OK?