Veja como é simples, usando o CuteFTP
1º Conecte-se ao servidor:

2º Envie seu arquivo, vejá q ele aparecerá do outro lado da tela, depois clique sobre ele com o botão direito:

3º Vá em CHMOD, escreva 755 em manual e confirme em OK:

Pronto! Seu CGI já esta configurado com as permissões corretas!
Obs:
Alguns scripts podem requerer outro valor de CHMOD como 777.
Alguns programas de ftp podem váriar o local da opção CHMOD.