Desenvolve tudo com POO e se utiliza de um
factory pattern para concentrar a criação de objetos PDO, de acordo com o driver do banco de dados que você for utilizar (MySQL, PostgreSQL, SQLite...).
Tem um livro, "PHP Programando com Orientação a Objetos" do Pablo Dall'Oglio. Ele ensina diversos design patterns (dentre eles este que citei acima, o
factory pattern), classes para abstração do BD, persistencia de objetos em bancos de dados relacionais, etc. Eu acho muito bom! Venho estudando já faz um bom tempo, e vem dando um belo de um boost no aprendizado de POO

Outra opção seria usar algum framework, que se utilize de uma organização MVC, deixando tudo mais bem organizado, POO, ORM (para que seja simples de salvar os objetos para o BD), etc. Eu já usei o Symfony, e apesar de ter largado por agora, recomendo. Ele até mesmo cria uma área administrativa baseada no teu modelo de banco de dados (schema), com apenas um comando (usa linha de comando para fazer scaffolding - criação dos diretórios e arquivos).