essa questão é meio chata mesmo, e é muito difícil de arrumar com css, mas vc pode fazer o css com o javascript de acordo com o navegador só que dá um pouquinho de trabalho, ou então tem um hack que vc faz css só para o IE, mas presta bem atenção no que vc vai fazer pois é um hack e eu não aconselho vc a fazer, só use caso vc não consiga fazer pelo javascrípt, ele consiste em vc colocar um asterisco antes do comando css, por exemplo:
<style>
*margin:auto;
margin:100px;
*position:absolute;
position:relative;
</style>
no exemplo acima o IE, só vai ler os css que tem asterisco e o mozila le os sem asterisco, mas pense bem pois isso não é muito bom pois vc vai escrever o dobro, além de ser uma gambiarra.
Essa questão entre firefox e IE é muito chata mesmo, mas eu espero que acabe logo, to torcendo pra que, com a "pseudo" chegada da "nova web 3.0", isso acabe, tomara que as proximas versões de navegadores, estejam todos nas normas da W3C, assim seremos felizes para sempre
espero ter ajudado,
abrass