Assim se cada aluno tiver um login diferente basta você, no seu login, clicar com o botão direito sobre a pasta e, em Compartilhamento e Segurança, assinalar a caixinha Tornar Est Psta Particular.
Pronto os outros usuário, se tentarem a cessar obterão uma mensagem de acesso negado.
Não sei dizewr mas acho que apenas o usuário Administrador (aquele que a gente usa em casos de desastres

) tem acesso à essas pastas particulares.
Agora se você realmente deseja por senhas nas pasta creio que este programa o ajudará:
Folder GuardEle é pago porém, creio eu que sob uma senha mestra, você Administrador da Rede, pode proteger todas as pasta desejadas.
Nunca testei ele numa rede, não sei se você protegendo os outros usuários (por login ou não) terão acesso.
É uma questão de se ver.
Você pode baixar o demo do programa e testar. Se lhe agradar é só adquirir

Espero que lhe ajude.
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