O desenho deve ser só o traçado, e em preto e branco.
Preparação/ Tratamento da imagem scaneada - Photoshop:
1- Scan. Tentem scanear de modo que o desenho não fique tão sujo. Sobre scanear, é na base de tentativa/erro mesmo, pois cada scanner tem o seu programa diferente, então é ir mexendo no contraste e tudo mais. Ponha em Grayscale a escala de cores, e não RGB. A resolução recomendada pelos profissionais é a de 600dip, mas ao menos aqui em casa com meu scanner velho a figura fica gigante! (Desculpem, sem imagem para scan, pois o bagulho está em outro pc, não neste)
2- Antes de mexer no tamanho, salve um original, e outro no qual você vai mexer, para dar um backup no caso de fazer caquinha.. ^.~ Enfim, para diminuir ou aumentar(imagens aumentadas sempre perdem qualidade), vá no menu "Image[Imagem] > Image Size...[Tamanho da Imagem]". Certifique-se de que a caixa "Contrain Proportions[Proporções constantes]" esteja marcada. Daí é só ir em "Width" ou "Height" e digitar um número que o outro será ajustado automáticamente para manter as proporções fiéis às originais. Eu gosto de trabalhar com valores de pixels, mas se preferirem outro, sintam-se à vontade. Feito isto, a imagem estará de um tamanho legal. (coloquei proporções pequenas, pois esse desenho é só para mostrar como fazer transparência e servir de referência pra um que vou traçar direto no pc)
2- Caso a imagem esteja muito suja mesmo, vá em "Image[Imagem] > Adjust[Ajuste] > Curves[Curvas]". Também pode-se fazer com "Levels", ou "Brightness/Contrast", mas no caso usei Curves mesmo. Daí é ir mexendo na linha, e de olho no desenho, para ver como ele fica mais limpo. Dependendo do quê você pretende fazer, deixe as linhas do traçado mais claras ou nítidas.. Agora, vem a parte da transparência em si. Maaas... Está em Grayscale! Para fazer a macumba da transparência ela precisa ser RGB. Então, em Image novamente, vá em "Mode > RBG". Pronto!
Passo à passo - Photoshop:
1- Selecione o desenho inteiro com a ferramenta conforme é mostrada na figura. (Essa é a versão suja do desenho, é que lembrei de mostrar como limpar só depois, então vai assim mesmo xP)
2- Verifique se Branco está como cor de fundo, conforme mostra na figura, o quadrado preto na frente, e o branco atrás. Estando assim, dê "ctrl+x" para recortar a figura, e "ctrl+v", fazendo o backgroud ficar branco e o desenho em uma nova layer.
3- Vá para a aba channels, e clique na opção "Load channel as selection", no caso é o primeiro ícone, o círculo. Assim, a figura ficará recortada. Delete, usando a tecla "delete" mesmo do seu teclado.
4- Viram só? Está transparente agora. Mas, muitas vezes fica claro demais ou esbranquiçado o traçado...
5- Então, na layer do traçado do desenho, dê "lock" na transparência, e pinte-a de preto! Lembrem que o branco foi eliminado, mas em um desenho mal-scaneado como esse que usei, fazendo isso, toda aquela sujeira em volta vai voltar a aparecer...