Vc já tentou usar z-index?
Cara, eu estou exatamente com esse mesmo problema, apesar de também não ter conseguido resolver ainda, tenho quase certeza de que não tem a ver com z-index pois a minha div estava lá antes de aparecer o problema.
No meu caso o problema começou quando fui tentar fazer um menu drop-down no lugar do menu "normal" que estava antes. Eu usei como modelo o menu 5 dessa página: http://www.cssplay.c...p_examples.html
Se alguém souber como resolver o problema nos dê uma ajuda!