deixa eu ver se entendi:
Layer1 = links;
Layer2 = conteudo;
os links abrem a Layer2 com um conteudo especificado.
Se for isso:
Eu aconselharia criar uma função que abre cada layer ou simplesmente edita o conteudo da layer2 abrindo ela...
Os links na layer1 chamariam essa função...
Então, procure aqui no fórum, nos tutoriais tem algo sobre mostrar/ocultar camadas.
Para criar uma função só é necessário escrever: function NOME_DA_FUNCAO{ //conteudo }.
O conteudo da layer seria algo tipo:
document.getElementById("ID_DO_LAYER").innerHTML = "NOVO_CONTEUDO";
Abraço